Les sentiers du Musée passent à travers huit écosystèmes différents : la friche, le marais, le verger, la forêt de transition, la forêt de feuillus, la forêt de conifères, les mousses et l'orée des bois. Des passerelles sont présentes dans les écosystèmes des mousses et du marais.

L'Écho des origines : un circuit immersif nocturne disponible dans les sentiers à partir du mois de juin. La forêt vous parlera de ses secrets, mais aussi du mal qui la ronge. Votre mission : sauver l'héritage de la mer de Champlain afin de devenir un vecteur de changements positifs, grâce à une branche interactive très «spéciale» qui vous guidera tout au long de cette quête de connaissances.